持続化補助金のインボイス特例は終了していない。2026年(第20回)も対象
「インボイス特例はすでに終わった制度」という情報を目にすることがありますが、これは過去の公募回の話が更新されないまま残っているだけで、現行の公募回でも特例そのものは設けられています。持続化補助金の補助上限は通常枠で50万円が基本ですが、インボイス特例を適用すると一律で50万円が上乗せされ、合計100万円まで補助を受けられる仕組みです。直近の公募は秋から冬にかけて受付が進んでおり、締め切り後の審査を踏まえた採択発表は来春ごろに行われる見込みです。発表のタイミングだけを見ても、制度は今も現在進行形で動いていることがわかります。
免税事業者から課税転換する事業者が、インボイス特例の対象になる
インボイス特例の対象になるのは、免税事業者が適格請求書発行事業者、つまり課税事業者に登録するケースです。ただし全ての免税事業者が当てはまるわけではなく、過去のある時期に免税事業者だった期間がある事業者か、比較的最近創業していて免税事業者に当たると見込まれる事業者が対象になります。すでに長く課税事業者として登録済みの事業者は、この特例の対象外です。また、特例を適用するには補助事業が終了する時点で登録が完了している必要があり、登録通知までは申請から約1.5カ月程度かかります。採択されてから慌てて動くとこの期限に間に合わない恐れがあるため、採択通知を受け取ったらすぐに登録手続きに着手するのが実務上の鉄則です。
持続化補助金そのものの対象となる小規模事業者は、業種によって従業員数の基準が分かれます。
- 商業・サービス業(小売業・サービス業):常時使用する従業員5人以下
- その他の業種:常時使用する従業員20人以下
インボイス特例も、この従業員数の枠内にある事業者が対象になります。
取引先の属性で変わる、免税継続か課税転換かの判断
登録すべきかどうかは、取引先の属性で大きく変わります。取引先が本則課税を採用している企業中心、つまりBtoB取引が多い事業者の場合、相手側の仕入税額控除に直結するため登録の必要性は高めです。一方、取引先が一般消費者や簡易課税・免税事業者中心であれば、登録による影響は比較的小さいと考えられます。もう一つの目安が、基準期間(個人事業者は前々年、法人は前々事業年度)の課税売上高1,000万円という分岐点で、これを超えると登録の有無にかかわらず課税事業者になります。対企業取引が多い業種は登録メリットが出やすく、対個人向けのサービス業は様子を見る選択肢も十分あり得ます。
この判断を考えるうえでは、2026年に終了した税負担の軽減措置も踏まえておきたいところです。新たに課税事業者になった小規模事業者を対象に、納める税額を抑えられる時限的な特例(いわゆる2割特例)はすでに期限を迎えています。今後新たに登録する事業者は、この軽減措置を使わない前提で本則課税の計算方法を確認し、取引先の属性や売上高の見通しと合わせて登録のタイミングを検討することになります。
実務上の落とし穴になりやすいのが、登録のタイミングです。インボイス特例は、免税事業者が特例の枠内で新たに課税事業者登録をする場合に上乗せが認められる仕組みのため、補助金の申請を待たずに先行して登録を済ませてしまうと、後から特例だけを申請して上乗せを受けることはできません。取引先の都合などで早めに登録したい事情がある場合でも、補助金の申請スケジュールと登録のタイミングを合わせて検討しておくことが、上乗せを受けられるかどうかの分かれ道になります。
賃金引上げ特例と併用した場合、補助上限はどこまで増えるのか
インボイス特例と賃金引上げ特例を併用すると、補助上限は段階的に増えていきます。金額の流れを整理すると次のとおりです。
- 通常枠の補助上限:50万円
- インボイス特例を適用:+50万円 → 合計100万円
- 賃金引上げ特例も併用:+150万円 → 上乗せ合計200万円、総額250万円
賃金引上げ特例は事業場内最低賃金を+50円以上引き上げることなどが要件で、インボイス特例とは別立ての条件である点に注意が必要です。また、費目ごとに個別の上限が設定されているものも含め、使える経費の範囲は補助上限額とは別の枠組みで管理されています。上限額が増えても、対象経費の範囲や金額は最新の募集案内で確認しておくことが大切です。
採択後に進めるインボイス登録と実績報告の注意点
採択通知を受け取ったら、できるだけ早く適格請求書発行事業者の登録申請を進めることが重要です。登録通知までの目安は約1.5カ月のため、補助事業終了のタイミングから逆算して着手しないと特例適用が認められないリスクがあります。実績報告の段階では、登録が完了していることを示す書類を揃えて提出する流れになるため、どの書類をいつ準備すればよいか不安な場合は、早めに一次相談をしておくと手続きがスムーズに進みます。受け取った登録通知書は実績報告で提出する他の書類と合わせて同じフォルダに保管しておくと、提出直前に探し回らずに済みます。